شرکت هواپیمایی آتا در تاریخ ۲۷ آذر سال ۱۳۸۷ با تصویب رسمی هیئت دولت به عنوان شانزدهمین شرکت هواپیمایی ایران تاسیس و راه‌اندازی شد. نخستین پرواز این ایرلاین در تاریخ ۱۰ دی سال ۱۳۸۸ هم زمان با افتتاح  رسمی این شرکت توسط وزیر راه و ترابری از فرودگاه بین‌المللی تبریز به مقصد شهر مشهد انجام گرفت که در این پرواز جمعی از مسئولین استانی و اصحاب رسانه برای پوشش خبری اولین پرواز این ایر لاین حضور داشتند. آتا فعالیت های پروازی خود را با ۴ فروند هواپیمای مک‌ دانل داگلاس با ظرفیت جا به جایی ۱۶۵ نفر مسافر آغاز نمود. ناوگان هوایی این شرکت در حال حاضر دارای ۸ فروند هواپیمای  MD80 و ۳ هواپیمای ایرباس ۳۲۰ و ۲ فروند هواپیمای بوئینگ ۷۳۷ و ٣ فروند هواپیمای امبرائر ۱۴۵ می باشد.

شرکت هواپیمایی آتا از ابتدای تاسیس و بهره برداری خود، دارای برنامه ای منظم و مدون بوده و روند رو به رشدی را تا به امروز طی نموده است. این شرکت ۴ سال پس از شکل گیری خود در سال ۱۳۹۱ توانست  عنوان پنجمین شرکت هواپیمایی ایرانی  را در کشور به لحاظ جا به جایی مسافر کسب کند. در سال بعد یعنی در سال ۱۳۹۲، این ایرلاین توانست با رشد قابل توجه آمار با جابجایی بیش از یک میلیون و پانصد هزار مسافر، در جایگاه چهارم این رده بندی قرار بگیرد.

همچنین آتا موفق به کسب مقام اول ارائه خدمات به مسافران استانی گردید. 

با توجه به خط مشی این شرکت مبنی بر استفاده از نیروی انسانی بومی و همچنین بومی سازی در حوزه نگهداری و تعمیر ناوگان، سیزده خلبان و کمک خلبان ایرانی جهت گذراندن دوره های پیشرفته آموزشی به کشورهای سوئد، ترکیه و اکراین اعزام شدند که پس از طی دوره های مربوطه، به عنوان سرخلبان به جمع کرو این شرکت پیوستند. حدود یک صد نفر از نیروی انسانی بومی نیز به عنوان مهماندار و سرمهماندار جذب این ایرلاین شدند و سکانداری بخش فنی (تعمیر و نگهداری ناوگان هوایی) آتا نیز به متخصصین توانمند داخلی سپرده شد تا حد الامکان از نیروی خارجی کمتری استفاده شود.

حوزه فنی شرکت هواپیمایی آتا در سال های اخیر موفق به کسب مجوز CAMO، راه اندازی شعبه چرخ و ترمز در تبریز، مجوز A چک و نیز گواهینامه Part-M گردیده است که امتیاز ویژه ای برای این ایرلاین محسوب می گردد. از دیگر دستاوردهای ایرلاین آتا، راه اندازی بخش شاپ الکتریک در این شرکت است که عهده دار تعمیرات باطری هواپیماهای این ناوگان است.

مقاصد خارجی شرکت هواپیمایی شامل عراق،  ترکیه و کویت بوده و  مقاصد داخلی این ایرلاین نیز عبارتند از: تهران، اهواز، اصفهان، مشهد، شیراز، تبریز ، جزیره کیش،ساری، ارومیه،کرمانشاه، بیرجند، آبادان و  جزیره قشم. 

آتا با اختصاص یک فروند هواپیمای Airbus 320 که به طرح یوز ایرانی منقش شده بود از تیم ملی ایران در جام جهانی روسیه حمایت کرد.